1938 – Přerušení činnosti školy
Vyučování v posledním roce předmnichovské republiky už bylo poznamenáno národnostní nesnášenlivostí, jež vedla ke zničení Masarykovy busty henleinovci v noci ze 3. na 4. května 1938. Tato událost se stala počátkem rušného jara a léta v Šumperku. V atmosféře nervozity a nejistoty byl zahájen školní rok 1938–39 s rekordním počtem žáků. Rychlý spád mezinárodních událostí ústících v Mnichov 1938 učinil tento školní rok nejkratším v historii školy – trval pouhý jeden měsíc.
Po mnichovských událostech se Šumperk dostává do německého záboru. Nastává spěšné stěhování úřadů i českého obyvatelstva do českého vnitrozemí. Převážná část Čechů do osmého října město opouští.
Budova gymnázia je zabrána Němci, kteří zde otevírají vyšší dívčí a obchodní školu (Oberschule für Mädchen a Handlsschule). Profesorům gymnázia byla nabídnuta místa na školách ve vnitrozemí, většina studentů vyšších ročníků navštěvuje nejbližší české gymnázium v Litovli.
Do bojů druhé světové války zasáhli různou měrou i někteří studenti a absolventi školy. Jména těch, kteří nepřežili hrůzy války, připomíná pamětní deska na budově gymnázia, která byla pořízena ze sbírky studentů a pedagogů a byla odhalena v roce 1984, o což se zasloužil prof. František Franc.